膠質(zhì)瘤基因分子檢測報(bào)告看不懂?請看……
發(fā)布時(shí)間:2024-04-15 11:36:47 | 閱讀:次| 關(guān)鍵詞:膠質(zhì)瘤基因分子檢測報(bào)告
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腦膠質(zhì)瘤是指起源于腦神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞的腫瘤,是常見的原發(fā)性顱內(nèi)腫瘤,我國腦膠質(zhì)瘤年發(fā)病率為5-8/10萬,5年病死率在全身腫瘤中僅次于胰腺癌和肺癌。神經(jīng)膠質(zhì)瘤是一組具有膠質(zhì)細(xì)胞表型特征的神經(jīng)上皮腫瘤的總稱,其涵蓋范圍廣泛,從較其少見、幾乎可以治愈的毛細(xì)胞型星形細(xì)胞瘤到侵襲性強(qiáng)到幾乎無法治愈的膠質(zhì)母細(xì)胞瘤。
隨著病理學(xué)的發(fā)展和病理檢測技術(shù)的進(jìn)步,是二代測序、DNA甲基化譜等組學(xué)技術(shù)的提高,膠質(zhì)瘤的遺傳背景和發(fā)生發(fā)展機(jī)制逐漸清晰。越來越多的分子標(biāo)志物被證明在膠質(zhì)瘤的分類、分型、分級、預(yù)后和治療方面發(fā)揮著重要的作用。
2021版WHO中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分類標(biāo)準(zhǔn)
2021年發(fā)布的5版《WHO中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分類》整合了腫瘤的組織學(xué)特征和分子表型,提出了新的腫瘤分類標(biāo)準(zhǔn),重點(diǎn)推進(jìn)了分子診斷在中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤分類中的應(yīng)用。這一分類是目前腦膠質(zhì)瘤診斷及分級的重要依據(jù)(表4)。
什么是膠質(zhì)瘤分子檢測?
分子檢測又叫生物標(biāo)志物檢測,是指在體內(nèi)發(fā)現(xiàn)的某種分子,從而作為某種病癥或異常的表現(xiàn)。
在膠質(zhì)瘤治療中,生物標(biāo)志物檢測用于尋找基因、蛋白和其他標(biāo)志物的分子變化。其中DNA的突變占據(jù)了這種變化相當(dāng)重要的一部分。
膠質(zhì)瘤常用分子病理學(xué)檢測指標(biāo)
IDH1
遺傳學(xué)變異:突變(R132H/C/L/S/G)
檢測方法:免疫組化,Sanger測序,焦磷酸測序,二代測序
診斷價(jià)值:膠質(zhì)瘤分類的關(guān)鍵分子變異;可鑒別WHO1級膠質(zhì)瘤與膠質(zhì)增生。
預(yù)后意義:提示預(yù)后相對良好;在臨床試驗(yàn)中常作為重要分組指標(biāo);與MGMT啟動(dòng)子甲基化密切相關(guān);對放療和烷化劑相對敏感;潛在的治療靶點(diǎn)(例如lvosidenib)。
IDH2
遺傳學(xué)變異:突變(R172K/M/G/W)
檢測方法:Sanger測序,焦磷酸測序,二代測序。
柒色體1p/19q
遺傳學(xué)變異:聯(lián)合缺失
檢測方法:FISH,PCR,甲基化芯片/表達(dá)譜芯片/二代測序相關(guān)方法
診斷價(jià)值:少突膠質(zhì)細(xì)胞瘤的關(guān)鍵變異。
預(yù)后意義:提示預(yù)后相對良好;對于放療和烷化劑相對敏感。
H3 K27
遺傳學(xué)變異:突變(K27M)
檢測方法:免疫組化,Sanger測序,二代測序。
診斷價(jià)值:診斷彌漫性中線膠質(zhì)瘤,H3K27突變型的關(guān)鍵參考指標(biāo)。
預(yù)后意義:預(yù)后相對較差;可作為潛在治療靶點(diǎn)(例如EZH2控制劑)。
H3 G34
遺傳學(xué)變異:突變(G34R/V)
檢測方法:免疫組化,Sanger測序,二代測序
診斷價(jià)值:彌漫性中線膠質(zhì)瘤,H3K27突變型。
預(yù)后意義:生存期比IDH突變型膠質(zhì)母細(xì)胞瘤略長,但比IDH突變型WHO 4級膠質(zhì)瘤短。
ATRX
遺傳學(xué)變異:突變
檢測方法:免疫組化Sanger測序,二代測序
診斷價(jià)值:ATRX核表達(dá)缺失和/或p53突變陽性,可在不檢測1p19q的情況下診斷為IDH突變型是形細(xì)胞瘤。
預(yù)后意義:相對于IDH突變型膠質(zhì)母細(xì)胞瘤預(yù)后較好。
TP53
遺傳學(xué)變異:突變
檢測方法:免疫組化Sanger測序,二代測序
診斷價(jià)值:ATRX核表達(dá)缺失和/或P53突變陽性,可在不檢測1p19q的情況下診斷為IDH突變型星形細(xì)胞瘤,可用于鑒別彌漫或非彌漫性WHO 1級膠質(zhì)瘤及膠質(zhì)增生。
CDKN2A/B
遺傳學(xué)變異:純合性缺失
檢測方法:FISH,qPCR,MLPA,甲基化芯片/表達(dá)譜芯片/二代測序相關(guān)方法
診斷價(jià)值:組織學(xué)缺少壞死和微血管增生的星形細(xì)胞瘤,IDH突變,WHO 4級膠質(zhì)瘤的診斷指標(biāo)之一。
預(yù)后意義:在IDH突變型膠質(zhì)瘤中預(yù)后較差。
TERT
遺傳學(xué)變異:啟動(dòng)子突變(C228T/C250T)
檢測方法:Sanger測序,焦磷酸測序,二代測序
診斷價(jià)值:在少突膠質(zhì)細(xì)胞瘤和膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中常見;在缺少組織學(xué)壞死和微血管增生的情況下,是膠質(zhì)母細(xì)胞瘤,IDH野生型,WHO4級的診斷指標(biāo)之一。
預(yù)后意義:在IDH野生型膠質(zhì)瘤中預(yù)后較差;在IDH突變型膠質(zhì)瘤中預(yù)后較好。
染色體7/10
遺傳學(xué)變異:+7/-10
檢測方法:FISH,二代測序,微陣列芯片
診斷價(jià)值:在缺少組織學(xué)壞死和微血管增生的情況下,是膠質(zhì)母細(xì)胞瘤,IDH野生型,WH04級的診斷指標(biāo)之一。
預(yù)后意義:在IDH野生型膠質(zhì)瘤中預(yù)后較差。
EGFR
·遺傳學(xué)變異:擴(kuò)增
檢測方法:FISH,數(shù)字PCR,二代測序,微陣列芯片
診斷價(jià)值:星形細(xì)胞瘤,IDH突變型,WHO4級膠質(zhì)瘤的診斷指標(biāo)之一;膠質(zhì)母細(xì)胞瘤,IDH野生型,WHO4級膠質(zhì)瘤的診斷指標(biāo)之一。
·遺傳學(xué)變異:EGFRvIII重排
檢測方法:RT-PCR,數(shù)字PCR,免疫組化MLPA,二代測序
診斷價(jià)值:EGFRvIII發(fā)生在約半數(shù)EGFR擴(kuò)增的膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中。
預(yù)后意義:靶向治療的潛在靶點(diǎn)。
BRAF
遺傳學(xué)變異:突變(BRAFV600E)
檢測方法:免疫組化Sanger測序,焦磷酸測序,二代測序
診斷價(jià)值:在多種膠質(zhì)瘤中出現(xiàn),包括表皮型膠質(zhì)母細(xì)胞瘤。
預(yù)后意義:靴向治療的靶點(diǎn)(例如vemurafenib)。
MGMT
遺傳學(xué)變異:啟動(dòng)子區(qū)甲基化
檢測方法:甲基化特異性PCR,焦磷酸測序,甲基化微陣列
預(yù)后意義:在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中預(yù)后較好;替莫唑胺治療效果較好;與IDH突變和G-CIMP亞型相關(guān)。
FGFR
遺傳學(xué)變異:融合基因(FGFR-TACC)
檢測方法:Sanger測序,二代測序,qPCR
診斷價(jià)值:在星形細(xì)胞瘤,IDH野生型,WHO4級和膠質(zhì)母細(xì)胞瘤,IDH野生型,WH04級中出現(xiàn)。
預(yù)后意義:可作為靶向治療的潛在點(diǎn)(例如FGFR控制劑)
MET
遺傳學(xué)變異:融合基因(PTPRZ1-MET)、突變(METex14)
檢測方法:Sanger測序,qPCR,二代測序
診斷價(jià)值:在星形細(xì)胞瘤,IDH野生型,WHO4級和膠質(zhì)母細(xì)胞瘤,IDH野生型,WH04級中出現(xiàn)。
預(yù)后意義:在繼發(fā)性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤(星形細(xì)胞瘤,IDH突變型,WHO 4級)中預(yù)后較差;可作為治療靶點(diǎn)(例如MET控制劑)。
miR-181d
遺傳學(xué)變異:高表達(dá)
檢測方法:microRNA表達(dá)譜芯片,qPCR,原位雜交染色。
預(yù)后意義:在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中表達(dá)較高時(shí),對替莫唑胺化療效果較好。
TSC1/2
遺傳學(xué)變異:突變
檢測方法:Sanger測序,NGS
診斷價(jià)值:診斷室管膜下巨細(xì)胞星形細(xì)胞瘤的特異性標(biāo)志物。
預(yù)后意義:mTOR信號通路控制劑(如依維莫司)治療靶點(diǎn)。
ZFTA
遺傳學(xué)變異:基因融合(C11orf95-RELA)
檢測方法:FISH,NGS
診斷價(jià)值:診斷C11orf95融合陽性型幕上室管膜的特異性標(biāo)志物。
預(yù)后意義:發(fā)生該融合的幕上室管膜瘤患者預(yù)后相對較差。
YAP1
遺傳學(xué)變異:基因融合(YAP1-MAMLD1)
檢測方法:FISH,NGS
診斷價(jià)值:診斷YAP1融合陽性型幕上室管膜的特異性標(biāo)志物。
預(yù)后意義:發(fā)生該融合的幕上室管膜瘤患者預(yù)后相對較好。
MYCN
遺傳學(xué)變異:擴(kuò)增
檢測方法:FISH,NGS
診斷價(jià)值:診斷MYCN擴(kuò)增型脊髓室管膜的特異性標(biāo)志物。
預(yù)后意義:發(fā)生該擴(kuò)增的脊髓室管膜瘤患者預(yù)后相對較差。
NF1
遺傳學(xué)變異:突變
檢測方法:Sanger測序,NGS
診斷價(jià)值:在視路膠質(zhì)瘤和IDH野生型膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中突變頻率較高。
預(yù)后意義:攜帶該突變的毛細(xì)胞型星形細(xì)胞瘤預(yù)后相對較好。
如何做膠質(zhì)瘤分子檢測?
做分子病理檢測需要提供的樣本主要是患者的病理組織,可以是蠟塊、切成的白片或者新鮮組織。部分項(xiàng)目的檢測方式需要患者的血液樣本,具體根據(jù)檢測項(xiàng)目來定。要注意:腫瘤組織是較佳樣本,可以說是金標(biāo)準(zhǔn)。
注:患者在選擇基金檢測機(jī)構(gòu)時(shí),需要注意實(shí)驗(yàn)室資質(zhì)——需獲得國家(國際)認(rèn)可,即雙“C”認(rèn)證
基因檢測的陣地就是實(shí)驗(yàn)室,需要獲得國家相關(guān)部門的認(rèn)可,或者國際實(shí)驗(yàn)室資質(zhì)認(rèn)可。美國30年前就將基因檢測列為臨床,開展培訓(xùn),但在我國,目前還沒有官方資質(zhì)認(rèn)證和培訓(xùn)的機(jī)構(gòu)。由于沒有正規(guī)監(jiān)管機(jī)構(gòu),基因檢測公司的良莠不齊也再說難免。選擇時(shí),要了解清楚。
CAP(Collegeof American Pathologists,美國病理學(xué)家協(xié)會(huì))是專由臨床檢驗(yàn)學(xué)家和病理學(xué)家組成的聯(lián)合會(huì),被廣泛公認(rèn)為是實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量確定的重要成員之一。CAP認(rèn)證是通過對臨床實(shí)驗(yàn)室各個(gè)學(xué)科全方面制定詳細(xì)的檢查單并嚴(yán)格要求來確保實(shí)驗(yàn)室符合質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn),從而改進(jìn)實(shí)驗(yàn)室的實(shí)際工作,確保病人檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性。
綜上來說,擁有雙CAP+CLIA雙重認(rèn)證的實(shí)驗(yàn)室,那必定靠譜。因此大家在選擇基因檢測公司的時(shí)候盡量選擇雙“C”認(rèn)證的公司。
資料來源:國家衛(wèi)生健康委員會(huì)醫(yī)政醫(yī)管局,中國抗癌協(xié)會(huì)腦膠質(zhì)瘤委員會(huì),中國醫(yī)師協(xié)會(huì)腦膠質(zhì)瘤委員會(huì).腦膠質(zhì)瘤咨詢指南(2022版)[J].中華神經(jīng)外科雜志,2022,38(08):757-777.DOI:10.3760/cma.j.cn112050-20220510-00239

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